為凝聚社會各界力量，積極推動司法改革，讓司法贏得人民信賴，總統府已自106年2月下旬至8月中旬，召開司法改革國是會議，由蔡總統親自擔任召集人，並由101位委員透過40次分組會議、1次總結會議，針對近百項議題進行廣泛討論，最終作成87大項決議，並歸納提出「推動人民參與司法制度」等12 大改革重點。此會議係定位為任務型諮詢會議，協助公部門擬訂司法改革大政方針，將作為未來政府施政之參考。
本院相關部會已陸續展開改革工程，包含：「建立權責相符、透明公開的檢察官辦案體系」、「檢察權引入人民監督機制（人民檢察審查會）」、 「打造中立的檢察體系」、「去除冤抑錯誤，建立確定判決檢討機制」、「提升檢察體系之效能與專業」、「強化被害人保護」、「建立保護兒少的機制」、「實踐修復式正義」、「有效打擊犯罪」及「提升受刑人人權」等。未來相關部會將秉持正面、積極態度，加大改革速度與力道，並與社會各界進行溝通及對話，俾與民間通力合作，共同完成司法改革之重大工程。